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Google Adsense モバイル版を貼るのにSSIを僕は使ってます。参照

Perl言語（オススメしません）でスクリプトを作成したのであればSSIでの掲載は必要だと思います。でも、PHP言語で作成したのであれば別にSSIで掲載しなくても表示させる事はできます。
コンテンツ向け Adsense同様に表示させたい場所にソースを貼って、拡張子をphpにするだけです。

ではなぜSSIを使うのか…。理由は管理が楽だから、これに尽きます。
ブログ等のCMSではなく、HTMLで1ページづつ作成しているとHTMLファイルが結構な数になります。それに伴って、広告を貼るページも同様に増えるわけでして、もしソースの変更をしなくてはならなくなった時、すべてのページを変更するのは大変です。
SSIであれば1ファイルだけの変更で全部のファイルを変更した事と同じ事ができます。これってかなり楽じゃないですか？拡張子はそのままなのでURLの変更もありませんし^^;

最初からPHPで作成してて、Dreamweaver使ってるから、そんなの関係ねぇ～って声が聞こえてきそうだな^^;